Forum ŚFiNiA Strona Główna ŚFiNiA
ŚFiNiA - Światopoglądowe, Filozoficzne, Naukowe i Artystyczne forum - bez cenzury, regulamin promuje racjonalną i rzeczową dyskusję i ułatwia ucinanie demagogii. Forum założone przez Wuja Zbója.
 
 FAQFAQ   SzukajSzukaj   UżytkownicyUżytkownicy   GrupyGrupy   GalerieGalerie   RejestracjaRejestracja 
 ProfilProfil   Zaloguj się, by sprawdzić wiadomościZaloguj się, by sprawdzić wiadomości   ZalogujZaloguj 

Pochodzenie kodu genetycznego
Idź do strony Poprzedni  1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8  Następny
 
Napisz nowy temat   Odpowiedz do tematu    Forum ŚFiNiA Strona Główna -> Genesis
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Sob 14:44, 04 Sie 2018    Temat postu:

Ok... Ten wątek nie musi być tak sformalizowany jak to forum...

Mamy dużo czasu...może pojawi się jakaś nowa informacja..
Czytam artykuł, który przysłałeś. jednak chodzi mi po głowie wiele innych myśli..

Na przykład: [link widoczny dla zalogowanych]

Oglądaleś?

Czytam ten artykuł. Jednak musze jeszcze zrobić pranie i inne domowe roboty..

[link widoczny dla zalogowanych]


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Sob 18:01, 04 Sie 2018    Temat postu:

Semele napisał:
Ok... Ten wątek nie musi być tak sformalizowany jak to forum...

Mamy dużo czasu...może pojawi się jakaś nowa informacja..
Czytam artykuł, który przysłałeś. jednak chodzi mi po głowie wiele innych myśli..

Na przykład: [link widoczny dla zalogowanych]

Oglądaleś?

Czytam ten artykuł. Jednak musze jeszcze zrobić pranie i inne domowe roboty..

[link widoczny dla zalogowanych]


:brawo: :serce:
Artykuł o eukariotycznej inicjacji translacji zajmujący. Interesujesz się translacją? Mam chyba gdzieś artykuły o tym. Polecam: [link widoczny dla zalogowanych]
Czy ten proces wymaga integracji?
Jeszcze dwa o samej inicjacji translacji: [link widoczny dla zalogowanych]
[link widoczny dla zalogowanych]
Czy zgadzasz się, że sam proces inicjacji translacji u eukariota wymaga integracji w komórce? Bierze w niej udział:
dwie potężne podjednostki rybosomowe ( 60 S i 40 S) Ich masa wynosi około 4,8 x 106 Da. Większa podjednostka ma stałą sedymentacji 60S i zawiera 5S rRNA, 5,8S rRNA, 28S rRNA oraz 50 swoistych polipeptydów. Mniejsza podjednostka - 40S zbudowana jest z 18SrRNA oraz około 30 łańcuchów polipeptydowych. [link widoczny dla zalogowanych] Do tego należy dodać:
różne t-RNA, m-RNA, 13 podstawowych i 5 pomocniczych białek ( a ściślej czynników/factorów białkowych, gdyż niektóre składają z kilku białek np. eIF2B z 5).

Warto porównać prokariotyczną i eukariotyczną translację tylko poglądowo, jak w tym artykule [link widoczny dla zalogowanych]
Widzisz różnicę: proszę napisz konkretnie. :szacunek:


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez sceptyk dnia Sob 19:09, 04 Sie 2018, w całości zmieniany 3 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Dyskurs




Dołączył: 28 Wrz 2015
Posty: 6417
Przeczytał: 83 tematy

Pomógł: 149 razy
Skąd: Little Rhody, USA
Płeć: Kobieta

PostWysłany: Sob 18:03, 04 Sie 2018    Temat postu: Re: Pochodzenie kodu genetycznego

sceptyk napisał:
Dyskurs
Cytat:
No dobrze, rozumiem te publiczne plany matrymonialne, tylko po co z tego powodu płakać? :wink:


Dotyczy to każdej kobiety chętnej do dyskusji. :)

:serce:
Aaa, jestem chetna do dyskusji czy dyskursu ale tymczasem nie mam czasu, ale wychodzi na to, ze ida lepsze czasy - to usmiech tymczasem :)

sceptyk napisał:
… kod genetyczny jest niematerialną informacją.
Jest informacja a raczej przeplywem informacji :)

Semele napisał:
Dlaczego Dyskurs się tak leni??
Yikes pracuje non-stop jak nie w pracy to nad dysertacja. 2 sierpnia tylko pozwolilam sobie wyjsc z Sasiadem/Przyjacielem do Capital Grille, bo mial urodziny. Pokazalam Mu gdzie pracuje z sala gimnatyczna wlacznie I miejscem gdzie praktykuje joge. Byl to dinner na koszt firmy, bo nie mialam okazji brac udzialu w Summer Outing czyli integracji firmy nad pieknym jeziorem Pearl w stanie MA. Spozylam lososia I byl pyszny. On zjadl steka I dal mi sporobowac, ale nie przepadam za czerwonym miesem. Dostal torciki od restaujracji ale nie chcialam probowac, bo nie spozywam cukru, alkoholu, etc.

Moja szefowa VP zmusila mnie aby zatrudnic pomoc, bo integracja to skomplikowany process. Juz mam kandydatke, ale rekrutacja to proces. A tymczasem pisze w pracy a jest sobota, bo dla szefowej ksiegowosci finansowej wszystko jest potrzebne na wczoraj I zamykanie ksiag finansowych wlasnie wyladowalo u nas podobnie jak place, swiadczenia, I podatki wyladowaly u nas w poprzednim miesiacu. Dobrze, ze sama "na chybcika" nauczylam sie obslugi systemu firmy spoza stanu I wlasnie przygotowalam potrzebne analizy. Zmiany swiadczen jakie uderza w ten segment biznesu pod koniec miesiaca beda jak trzesienie ziemi z tsunami. Ale tak jest jak wladze przejmuja efektywni ludzie Roger Williams czyli my ludzie w minucie/minute (hu)men z Nowej Anglii skupieni na byciu prawym, efektywnym I fiskalnie odpowiedzialnym :)

Pozdrawiam I wroce :)


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez Dyskurs dnia Sob 18:30, 04 Sie 2018, w całości zmieniany 3 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Sob 18:29, 04 Sie 2018    Temat postu: Re: Pochodzenie kodu genetycznego

Dyskurs napisał:
tymczasem :)

sceptyk napisał:
… kod genetyczny jest niematerialną informacją.
Jest informacja a raczej przeplywem informacji :)



Niech tak będzie :)


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Sob 19:38, 04 Sie 2018    Temat postu:

Szukam i myślę nadal. Przeczytałam fragment regeratu wuja na granicy nauki i światopoglądu. Mam taki jakis dziwny sposób zdobywania informacji. Skłonność do dygresji. No cóż..jednak znalazlam coś ciekawego [link widoczny dla zalogowanych]

Możemy krytykowac SJ ale trzeba im przyznać, że potrafia pogladowo przedstawić pewne tajniki nauki :-).


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Sob 19:44, 04 Sie 2018    Temat postu: Re: Pochodzenie kodu genetycznego

Dyskurs napisał:
sceptyk napisał:
Dyskurs
Cytat:
No dobrze, rozumiem te publiczne plany matrymonialne, tylko po co z tego powodu płakać? :wink:


Dotyczy to każdej kobiety chętnej do dyskusji. :)

:serce:
Aaa, jestem chetna do dyskusji czy dyskursu ale tymczasem nie mam czasu, ale wychodzi na to, ze ida lepsze czasy - to usmiech tymczasem :)

sceptyk napisał:
… kod genetyczny jest niematerialną informacją.
Jest informacja a raczej przeplywem informacji :)

Semele napisał:
Dlaczego Dyskurs się tak leni??
Yikes pracuje non-stop jak nie w pracy to nad dysertacja. 2 sierpnia tylko pozwolilam sobie wyjsc z Sasiadem/Przyjacielem do Capital Grille, bo mial urodziny. Pokazalam Mu gdzie pracuje z sala gimnatyczna wlacznie I miejscem gdzie praktykuje joge. Byl to dinner na koszt firmy, bo nie mialam okazji z Nowej Anglii skupieni na byciu prawym, efektywnym I fiskalnie odpowiedzialnym :)

Pozdrawiam I wroce :)

Dyskurs to ja jestem naprawdę zdyscyplinowana dyskutantka. Kobieto:-) :-) :-)
Ani słowa o kodzie.

@sceptyk

Faktycznie w fazie translacji tych enzymów jest trochę.
Artykul jest po angielsku nie wszystko dokładnie rozumiem. Muszę przeczytać jeszcze raz.


Post został pochwalony 1 raz
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Sob 20:18, 04 Sie 2018    Temat postu: Re: Pochodzenie kodu genetycznego

@Semele

Ten jest w j.polskim: [link widoczny dla zalogowanych]
Choć sprzed 17 lat, ale w podstawowych aspektach dalej jest aktualny. Możemy o tym artykule porozmawiać, czy wg Ciebie proces inicjacji translacji wymaga integracji i w czym się przejawia? Jak czegoś nie rozumiesz, zawsze możesz spytać. :wink:
Ładnie i prosto o translacji i kodzie genetycznym: [link widoczny dla zalogowanych]
To jak? Dyskutujemy? :)
Korzystasz z google tłumacza?
Niezwykłość procesu inicjacji translacji polega m.in. na tym, że musi maszyneria molekularna precyzyjnie rozpoznać kodon inicjatorowy AUG. Różnica startu tylko w jednej pozycji może doprowadzić do syntezy wadliwego białka. Tzn mamy sekwencję ( POCZĄTEK) m-RNA: AGUGACAUGAUAUGA... Komórka, a maszyneria molekularna, głównie białka, musi rozpoznać ten właściwy kodon (AUG), a nie b.podobne do niego np. CUG lub AUA, a nawet ten sam, tylko dalej AUG. Właściwości kodu genetycznego sprawiają, że na cząsteczce
mRNA istnieją trzy tzw. ramki odczytu (ang. reading frames),
każda posiadająca zdolność kodowania innego łańcucha
polipeptydowego. To nie jest wielki problem, jak ma się sprawną maszynerię molekularną i umie się z niej korzystać ( integracja?). Inaczej komórka notorycznie by popełniała błędy w inicjacji translacji, nawet, jakby pozostałe etapy procesu były doskonałe, powstawałyby niefunkcjonalne lub mało funkcjonalne białka. Gdyby chodziło tylko o kilka cząsteczek m-RNA czy białek, to może i nie byłoby to letalne. Gdy jednak trzeba syntezować wiele ważnych białek w dużej ilości kopii - robi się problem. Np. histon H3 u drozdży konieczny w budowie nukleosomu i chromatyny, jest produkowany w liczbie ok 213000! Przy takiej skali produkcji proces inicjacji musi być niemal bezbłędny, inaczej chromatyna się zatka błędnymi białkami.


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez sceptyk dnia Sob 21:10, 04 Sie 2018, w całości zmieniany 3 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Sob 20:43, 04 Sie 2018    Temat postu:

Tak, powinieneś zauważyć, ze za jego pomocą "przetlumaczylam" kawalek tamtego artykułu. Nie moge poświęcić tak dużo czasu w tej chwili. Nie mam takich super zajęć jak Dyskurs. Moj mąż jest po operacji. Mama ledwie wytrzymuje upały.
Dla mnie ta temperatura też jest za wysoka. Ale jest dużo czasu..

Nie wiem czy dobrze Ciebie rozumiem. Uważasz, że z materii nieożywionej nie może powstać zywy organizm...
A jeśli to wszechświat musiał być stworzony przez Boga już z tym całym szyfrem?

To znaczy szyfr nie mógł powstać spontanicznie..czy tam droga doboru naturalnego.

Jest to zbyt skomplikowane..

Z artykułu :Jednym z kluczowych wyzwań dla badań nad abiogenezą jest wyjaśnienie pochodzenia kodu genetycznego - jak to się stało, że pewne kodony określają pewne aminokwasy. Przypomnijmy, że cząsteczki tRNA rozpoznają i wiążą kodony na mRNA poprzez ich antyodikony - i wprowadzają prawidłowy aminokwas tego kodonu do rybosomu w procesie. Jedną z cech systemu tRNA jest to, że nie ma bezpośredniego związku chemicznego lub fizycznego między aminokwasem a jego kodonem lub antykodonem. Aminokwasy są połączone z cząsteczkami tRNA w sekcji "akceptorowy rdzeń" (żółty region na powyższym schemacie). Co więcej, łodyga akceptora jest tą samą sekwencją dla każdego tRNA, niezależnie od tego, jaki aminokwas niesie. Łączenie odpowiednich aminokwasów z ich cząsteczkami tRNA jest zadaniem zestawu enzymów białkowych zwanych syntetazami aminoacylo-tRNA. Enzymy te rozpoznają wolne aminokwasy i ich właściwe cząsteczki tRNA i w szczególności łączą je ze sobą. Ponieważ nie ma bezpośredniej interakcji między aminokwasem a jego kodonem, w zasadzie wydaje się, że każdy kodon mógł zostać przypisany do dowolnego aminokwasu. Jeśli tak, to w jaki sposób mógłby powstać ten system bez żadnych chemicznych połączeń, które mogłyby go wytworzyć?


Post został pochwalony 1 raz

Ostatnio zmieniony przez Semele dnia Sob 21:05, 04 Sie 2018, w całości zmieniany 2 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Sob 21:10, 04 Sie 2018    Temat postu:

Pewnie jest to źle przetłumaczone przez translator. Lub ja nie rozumiem. Możesz coś rozjaśnić...Denis Venema. ...

Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Sob 21:25, 04 Sie 2018    Temat postu:

Semele napisał:

Z artykułu :Jednym z kluczowych wyzwań dla badań nad abiogenezą jest wyjaśnienie pochodzenia kodu genetycznego - jak to się stało, że pewne kodony określają pewne aminokwasy. Przypomnijmy, że cząsteczki tRNA rozpoznają i wiążą kodony na mRNA poprzez ich antyodikony - i wprowadzają prawidłowy aminokwas tego kodonu do rybosomu w procesie. Jedną z cech systemu tRNA jest to, że nie ma bezpośredniego związku chemicznego lub fizycznego między aminokwasem a jego kodonem lub antykodonem. Aminokwasy są połączone z cząsteczkami tRNA w sekcji "akceptorowy rdzeń" (żółty region na powyższym schemacie). Co więcej, łodyga akceptora jest tą samą sekwencją dla każdego tRNA, niezależnie od tego, jaki aminokwas niesie. Łączenie odpowiednich aminokwasów z ich cząsteczkami tRNA jest zadaniem zestawu enzymów białkowych zwanych syntetazami aminoacylo-tRNA. Enzymy te rozpoznają wolne aminokwasy i ich właściwe cząsteczki tRNA i w szczególności łączą je ze sobą. Ponieważ nie ma bezpośredniej interakcji między aminokwasem a jego kodonem, w zasadzie wydaje się, że każdy kodon mógł zostać przypisany do dowolnego aminokwasu. Jeśli tak, to w jaki sposób mógłby powstać ten system bez żadnych chemicznych połączeń, które mogłyby go wytworzyć?


Dobrze to zrozumiałaś, w czym jest problem. :szacunek: Są pewne rozwiązania, min. te z artykułu, który podałem: [link widoczny dla zalogowanych]
Znalazłem też taki: [link widoczny dla zalogowanych]
Jest w tym artykule kilka ciekawych propozycji, ale żadna mnie nie przekonuje, bo nie wyjaśnia genezy translacji, a bez tego nie da się odczytać kodu genetycznego. Jak znajdę czas to omówię te propozycje, ale docelowo trzeba szukać naukowych artykułów próbujących wyjaśnić genezę translacji.


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Sob 23:19, 04 Sie 2018    Temat postu:

Kluczowe są w translacji, a ściślej w jednym z jego etapów, syntetazy aminoacylo-tRNA.
Przyłączenie prawidłowego aminokwasu do swoistego tRNA decyduje o prawidłowym przeczytaniu kodu genetycznego. Tworzenie wiązania peptydowego między grupą aminową jednego aminokwasu, a karboksylową drugiego jest termodynamicznie niekorzystne, aby synteza białka mogła zachodzić aminokwas musi być najpierw zaktywowany. Proces ten przebiega w 2 etapach. 1.Formowanie aminoacyloadenylanu 2.Przyłączenie grupy aminoacylowej do cząsteczki właściwego tRNA. Reakcja aktywacji i przeniesienia aminokwasu jest katalizowana przez tę samą syntetazę aminoacylo-tRNA. Dokładne rozpoznanie określonego tRNA oraz precyzyjny wybór specyficznego aminokwasu przez aminoacyl-tRNA syntetazy jest kluczowe dla wysokiej wierności procesu syntezy białka. Aacyl-tRNA syntetazy są enzymami o bardzo dużej specyficzności. Jak osiągana jest tak wysoka specyficzność?
1.Miejsce aktywacyjne enzymu rozpoznaje określony aminokwas
2.Enzym ma także miejsce korekcyjne „proofreading”(editingsite).
3.Syntetazy rozpoznają co najmniej dwa specyficzne miejsca w tRNA: pętlę antykodonu i ramie akceptorowe (CCA), choć też inne obszary mogą brać udział w rozpoznaniu.
[link widoczny dla zalogowanych]
O tym, jak niezwykle specyficzne są te enzymy, świadczy, że robią to z dokładnością w przyłączeniu określonego aminokwasu do t-RNA ...99,99%-99,999%, czyli mylą się raz na 10000-100000 aktywacji!
[link widoczny dla zalogowanych]
Przyłączenie specyficznego aminokwasu do okreslonego t-RNA dokonują we wszystkich organizmach żywych (królestwa): Monera, Protista, Fungi, Plantae, Animalia tylko i wyłącznie białkowe syntetazy.
Koncepcja świata RNA w jego różnych mutacjach zakłada, że aktywacji na początkowym etapie formowania się kodu genetycznego dokonywały katalityczne RNA, czyli rybozymy, gdyż nie było białek. Opracowano w laboratorium rybozym o długośći 45 nukleotydów zdolny do przyłączenia fenyloalaniny do t-RNA. [link widoczny dla zalogowanych]
Pytanie; czy te badania zawarte w tym artykule potwierdzają możliwość tworzenia aminoacylacji przez RNA (rybozym) w pierwotnym srodowisku? Moim zdaniem nie, bo ten rybozym nie potrafił się samoreplikować, a warunki eksperymentów zachodziły w laboratorium, a nie w srodku jakiegoś koacerwatu.


Post został pochwalony 1 raz
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Nie 3:15, 05 Sie 2018    Temat postu:

https://youtu.be/8k1RFmtb8bk

Ponieważ nie ma bezpośredniej interakcji między aminokwasem a jego kodonem, w zasadzie wydaje się, że każdy kodon mógł zostać przypisany do dowolnego aminokwasu.

Nie rozumiem tego zdania..

[link widoczny dla zalogowanych]


Cząsteczka ta zbudowana jest z 76- nukleotydowego, pojedynczego łańcucha przybierającego charakterystyczny kształt liścia koniczyny.
Występuje w różnych postaciach, które różnią się między sobą sekwencją nukleotydów. Mogą w nim występować również inne zasady azotowe, tzn. metylocytozyna, hydroksymetylocytozyna, pseudouracyl, dihydrouracyl.
Koniec 5’ łańcucha jest fosforylowany, natomiast 3’ zawiera wolną grupę hydroksylową łączącą się z grupą karboksylową odpowiedniego aminokwasu. Reakcja ta wymaga nakładu energii dostarczanej przez ATP i katalizowana jest przez enzym syntetezę aminoacylo-tRNA. Pośrodku każdej cząsteczki tRNA znajduje się tzw. pętla antykodonowa, determinująca rodzaj transportowanego aminokwasu. To właśnie zawarta w niej sekwencja (5’ – pirymidyna – pirymidyna – X –Y – Z – zmodyfikowana puryna – zmienna zasada – 3’) umożliwia odnalezienie właściwej cząsteczki przez specyficzną syntetazę.
Jest ona również odpowiedzialna za rozpoznawanie właściwego tripletu na łańcuchu mRNA - determinuje zatem przyłączanie właściwego aminokwasu do powstającego polipeptydu. Niektóre tRNA rozpoznają więcej niż jeden kodon. Dzieje się tak, ponieważ parowanie ostatniej zasady jest mniej specyficzne niż dwóch pozostałych nukleotydów. Regułę tę nazywamy zasadą tolerancji.




Rys. 2. Ogólny schemat budowy cząsteczki tRNA


Proces syntezy białka zachodzi w cytoplazmie. Można podzielić go na trzy etapy, których przebieg zasadniczo nie różni się u organizmów eukariotycznych i prokoriotycznych, jednak u tych ostatnich translacja jest sprzężona z zachodzącą w jądrze transkrypcją i rozpoczyna się jeszcze przed ukończeniem syntezy mRNA. Kilka rybosomów może wtedy „tłumaczyć” zapisaną na mRNA informację.

Inicjacja translacji – polega na połączeniu się nici mRNA z podjednostkami rybosomy. Razem tworzą one tzw. kompleks translacyjny, zwany również „maszyną translacyjną”. Kodonem inicjującym translację na mRNA jest sekwencja AUG (rzadziej GUG). Startowa trójka nukleotydów ustawiona jest w miejscu P (peptydylowym, czyli zajmowanym przez tRNA połączony z polipeptydem) na rybosomie. Do niej przyłącza się inicjatorowy aminoacylo – tRNA. Pierwszym aminokwasem nowo zsyntetyzowanego łańcucha jest zawsze metionina (u Eucaryota) lub jej pochodna - formylometionina (u Procaryota).

Elongacja translacji – etap ten rozpoczyna się, gdy pierwszy aminoacylo-tRNA zajmie miejsce A (aminoacylowe, czyli zajmowany przez tRNA połączony z aminokwasem) na rybosomie. Budowa przestrzenna kompleksu translacyjnego umożliwia zbliżenie się grupy karboksylowej pierwszego aminokwasu do grupy aminowej drugiego aminokwasu. Proces tworzenia wiązań peptydowych między nimi wymaga nakładu energii oraz obecności enzymów rybosomowych. Uwolniona od polipeptydu cząsteczka tRNA opuszcza miejsce P i wraca do cytoplazmy, gdzie ponownie połączy się z właściwym sobie aminokwasem. Rybosom natomiast przesuwa się wzdłuż matrycy mRNA i w ten sposób w miejscu A pojawia się kolejna wolna trójka nukleotydów.

Cząsteczki aminokwasów przyłączane są do końcowej grupy karboksylowej tworzonego polipeptydu - białko syntetyzowane jest zatem w kierunku od końca N do końca C. Dalsze cykle elongacyjne zachodzą według tego samego schematu.

Terminacja translacji – zakończenie syntezy łańcucha polipeptydowego wyznaczają tzw. kodony stop – (UAA, UAG, UGA). Nie są one rozpoznawane przez cząsteczki tRNA i dlatego zajmując miejsce A na rybosomie wstrzymują wydłużanie łańcucha. Powstałe białko uwalniane jest z kompleksu dzięki tzw. czynnikom uwalniającym (RF – ang. release factor) i ulega dalszej obróbce, podczas której przybiera właściwą sobie formę przestrzenną.




Literatura:
 Waldemar Lewiński, Jolanta Walkiewicz „BIOLOGIA 1 – podręcznik dla klasy pierwszej liceum ogólnokształcącego”, Wydawnictwo „OPERON” 1998;
 Wilhelm Grzesiak, Arkadiusz Marian Kawęcki „GENETYKA ZWIERZĄT – przewodnik do ćwiczeń”, Akademia Rolnicza w Szczecinie, Szczecin 1998;
 Lubert Stryer „Biochemia”, przekład zbiorowy pod redakcją Jacka Augustyniaka i Jana Michejdy z czwartego wydania amerykańskiego; Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2003;
 Robert K. Murray, Daryl K. Granner, Peter A. Mayes, Victor W. Rodwell “Biochemia HArpera” Wydanie III, Redaktor naukowy tłumaczenia Franciszek Kokot; Wydawnictwo Lekarskie PZWL; Warszawa 1995;
(979 słów w tekście) (92715 odsłon)


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez Semele dnia Nie 3:27, 05 Sie 2018, w całości zmieniany 1 raz
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Nie 3:43, 05 Sie 2018    Temat postu:

Załadowanie tRNA aminokwasem

Jak właściwy aminokwas jest dołączany do odpowiedniego tRNA (zapewniając to, że kodony są odczytywane prawidłowo)? Enzymy nazywane syntetazami aminoacylo-tRNA pełnią przy tym bardzo ważną rolę.
Istnieje różna syntetaza dla każdego aminokwasu, jedna, która tylko rozpoznaje ten aminokwas i jego tRNA (i żaden inny). Kiedy i aminokwas i jego tRNA przyłączają się do enzymu, wtedy on łączy je razem w reakcji zasilanej "energetyczną walutą" - cząsteczką trifosforanu adenozyny (ATP).

https://youtu.be/C2d-vOheKxA

tutaj ciekawostka: Przyjęcie tego pierwszego
etapu protobiologicznego odsłania kolejne możliwe etapy ewolucji życia:
synteza polinukleoidów; rozwój i replikacja RNA; zależna od RNA synteza
peptydów; rozwój mechanizmu translacji; wyłonienie się enzymów proteinowych.
Istotną rolę wyłonienia się procesów deterministycznych kierujących ku
tworzeniu się struktur i funkcji systemów ożywionym Ch. de Duve przyznaje
tioestrom. Znaczenie tioestrów w protobiotycznych warunkach uzasadnia on,
odwołując się do ich roli w metabolizmie współcześnie istniejących organizmów
żywych. Belgijski uczony dostrzegł także duże znaczenie katalizatorów
w procesach przebiegających od protometabolizmu do metabolizmu. Nie jest
to tylko teoretyczne założenie, bo i we współczesnych organizmach katalizatory
także występują. Skoro tak, to katalizatory musiały występować od
początku chemicznych przemian w prebiotycznym świecie i odegrały istotną
rolę w genezie życia. Fakt powstania cząsteczek chemicznych w łączności
z odpowiednimi katalizatorami umożliwia ukazanie, że od początku istniał
deterministyczny proces powstawania i przetwarzania się materii w coraz to
bardziej istotne cząsteczki konieczne abiotycznie. Idąc za propozycją Güntera
Wächtershäustera, Ch. de Duve przyjmuje, że ewolucja życia przebiegała
w sposób spontaniczny, ale zgodnie z prawami przyrody, również z zasadami
termodynamiki. Proces tworzenia się coraz bardziej złożonych związków chemicznych
przedstawia w tzw. czterech światach: 1) prebiotyczny, 2) tioestrów,
3) RNA, 4) DNA. Zgodnie z modelem świata tioestrów, życie rozpoczęło
się w wulkanicznym, bogatym w siarczan otoczeniu, bogato zaopatrzonym
w abiotycznie powstałe tiole i kwasy organiczne różnego rodzaju, włączając
aminokwasy i hydroksykwasy.
Trzecim prelegentem w drugiej części konferencji był dr Andrzej Zykubek
z Katedry Filozofii Nauk Przyrodniczych Katolickiego Uniwersytetu
Lubelskiego Jana Pawła II. W wystąpieniu zatytułowanym Astrohydrobiologia
autor zauważył, że obecność wody w stanie ciekłym uważana jest za jeden
[8] Recenzje i Sprawozdania 167
z podstawowych czynników powstania i ewolucji życia, a tym samym wyznaczników
tzw. strefy habitualnej (ekosfery). W związku z tym praktyka badań
astrobiologicznych koncentruje się przede wszystkim na priorytetowej ocenie
tego biowskaźnika, tzn. czy na danej planecie lub księżycu może (lub mogła)
występować (przynajmniej okresowo) woda w stanie ciekłym. Na tej podstawie
w literaturze przedmiotu w Układzie Słonecznym wyróżnia się cztery klasy
obiektów kosmicznych jako potencjalnych środowisk życia: 1) Ziemia, 2) Mars,
Wenus, 3) Europa, 4) Enceladus, Ganymedes, Callisto, Tytan, Uran, Neptun.
Podobną klasyfikację stosuje się dla kosmicznych obiektów spoza Układu
Słonecznego. W przedstawionym kontekście w dalszej części wystąpienia
A. Zykubek zajął się odpowiedzią na następujące pytania: Czy słuszne jest
założenie o priorytetowej roli tego „wodnego biowskaźnika”? Czy z punktu
widzenia powstania i ewolucji życia ważne są źródła pochodzenia wody (np.
auto- lub allogeniczne hipotezy pochodzenia wody na Ziemi)? Kiedy na Ziemi
lub innych obiektach kosmicznych pojawiły się „wodne” warunki do powstania
życia? Czy możliwe jest życie bez wody, a jeśli tak, w jakich warunkach może
zrealizować się tzw. anhydrobioza? Czy jesteśmy świadkami narodzin nowej
dyscypliny naukowej o nazwie: astrohydrobiologia?
Ostatnim prelegentem w tej części konferencji był dr Jerzy Rąpała z Wyższego
Seminarium Duchownego Zakonu Braci Mniejszych we Wronkach
(Sekcja Wydziału Teologicznego UAM w Poznaniu). Zaprezentował on temat:
„Hipoteza podobieństwa” a poszukiwanie życia w kosmosie. Próba analizy krytycznej.
Nawiązując do poglądów Szczepana Ślagi, zauważył, że wspomniany autor,
analizując podstawowe założenia teorii abiogenezy, wyróżnił wśród nich tzw.
„hipotezę podobieństwa”. Głosi ona, iż pierwsze istoty żywe, które pojawiły
się na Ziemi, były podobne do występujących współcześnie pod względem
struktury chemicznej i metabolizmu. Zasada ta pojawia się również na terenie
astrobiologii, kierując badania ku poszukiwaniu życia podobnego do ziemskiego
(tzn. opartego na związkach węgla, posiadającego budowę komórkową,
zawierającego wodę jako główny rozpuszczalnik). J. Rąpała zaprezentował
stanowiska krytyczne wobec wspomnianego założenia, zawarte w koncepcjach
N. W. Piriego, W. Sedlaka i A. G. Cairns-Smitha. Analizie poddał dwa podstawowe
sposoby uzasadniania „zasady” przez jej zwolenników, tzn. argument
168 Recenzje i Sprawozdania [9]
z jedności biochemii oraz eksperymentów modelowych. Stwierdził także, iż
tezy zawarte we wspomnianych koncepcjach biogenezy mogą stanowić ważny
głos w dyskusji nad charakterem misji badawczych poszukujących śladów
życia w kosmosie. Odrzucenie „hipotezy podobieństwa” skutkuje bowiem
poszerzeniem zakresu badań i zwraca uwagę naukowców na tzw. „alternatywne
formy i środowiska życia”.
W trzeciej części konferencji jako pierwszy zabrał głos dr hab. Grzegorz
Bugajak z Instytutu Filozofii UKSW w Warszawie. Przedstawił temat: Kosmiczne
początki życia w świetle hipotezy niedookreśloności celu stworzenia. Na
wstępie prelegent zauważył, że dla teologicznej refleksji na temat miejsca
człowieka w świecie, trzy „wydarzenia” − z punktu widzenia dogmatu o stworzeniu
− wydają się mieć istotne znaczenie: stworzenie świata, stworzenie
życia i powołanie do istnienia człowieka. W nurcie zwanym kreacjonizmem
ewolucyjnym uznaje się zwykle, że o ile rozwój świata zachodzi mocą praw
natury, nadanych przez Boga, lecz działających samodzielnie i będących przedmiotem
badań naukowych, to te trzy „momenty” w historii świata wymagają
szczególnej interwencji Stworzyciela. W sukurs takim poglądom przychodzi
analiza filozoficzna, która − zakładając istotną odrębność życia od tego, co
nieożywione, i przyjmując zasadę racji dostatecznej − wiedzie do wniosku,
że powstanie życia, choć „przygotowane” działaniem czynników naturalnych,
wymaga dopełnienia przyczynowego ze strony nadnaturalnej Przyczyny
Pierwszej. Wyniki badań naukowych, uprawdopodobniające dzisiaj możliwość
kosmicznego pochodzenia życia ziemskiego, stają się dla tych filozoficzno-
-teologicznych poglądów kłopotliwe. Można, co prawda, utrzymywać, że
życie − niezależnie od tego czy powstało na Ziemi, czy też jest wynikiem
„kosmicznego zasiewu” − nadal wymaga specjalnego aktu stworzenia, jednak
przyjęcie jego kosmicznego pochodzenia prowadzi do pytań o „ekonomię” tego
aktu: skoro ostatecznym zamiarem Boga było powołanie do istnienia człowieka,
a stworzenie życia jest tylko jednym z etapów realizacji tego stwórczego
planu, to


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez Semele dnia Nie 11:09, 05 Sie 2018, w całości zmieniany 2 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Nie 11:53, 05 Sie 2018    Temat postu:

Semele napisał:


Ponieważ nie ma bezpośredniej interakcji między aminokwasem a jego kodonem, w zasadzie wydaje się, że każdy kodon mógł zostać przypisany do dowolnego aminokwasu.

Nie rozumiem tego zdania..



Częściowo to wyjaśniłaś:
Semele:
Cytat:
Jak właściwy aminokwas jest dołączany do odpowiedniego tRNA (zapewniając to, że kodony są odczytywane prawidłowo)? Enzymy nazywane syntetazami aminoacylo-tRNA pełnią przy tym bardzo ważną rolę.
Istnieje różna syntetaza dla każdego aminokwasu, jedna, która tylko rozpoznaje ten aminokwas i jego tRNA (i żaden inny). Kiedy i aminokwas i jego tRNA przyłączają się do enzymu, wtedy on łączy je razem w reakcji zasilanej "energetyczną walutą" - cząsteczką trifosforanu adenozyny (ATP).

Doprecyzowując: Mamy 20 różnych syntetaz dla 20 różnych aminokwasów, czyli precyzyjnie musi ona rozpoznać ten jedyny spośród 19 pozostałych, często podobnych chemicznie. W przypadku t-RNA sprawa jest bardziej złożona, bo w komórce bakterii mamy 30-45 różnych t-RNA, a u eukariota ok. 50. Co więcej: niektóre t-RNA mają różne antykodony, ale odpowiada im tylko jeden specyficzny aminokwas.
Wynika to pośrednio z właściwości kodu genetycznego, który jest zdegenerowany tzn. niektóre aminokwasy są kodowane przez więcej niż jeden kodon. Ze względu na występowanie degeneracji kodu, jedna cząsteczka tRNA musi rozpoznawać więcej niż jeden kodon dla jednego aminokwasu. ( np. leucyna czy arginina ma 6 różnych kodonów).
Jest to możliwe dzięki zdolności pierwszej zasady antykodonu do wiązania się z różnymi zasadami z trzeciej pozycji kodonu. Zdolność tą nazywa się regułą tolerancji lub degeneracją trzeciej zasady. Ponieważ pętla antykodonowa jest nieliniowa, wiązanie kodon-antykodon jest niedoskonałą helisą RNA. Umożliwia to tworzenie się niestandardowych par zasad (np. G z pierwszej pozycji antykodonu może tworzyć parę z U lub C z trzeciej pozycji kodonu; inozyna z pierwszej pozycji antykodonu może parować się z C, A lub U).
[link widoczny dla zalogowanych]
[link widoczny dla zalogowanych] str.4

Ciekawostką jest to, że trzy kodony (UAA,UAG,UGA) nie definiują aminokwasu, lecz sygnał STOP, czyli zakończenia syntezy łańcucha. Konieczne są do tego dwa różne białka tzw. czynniki uwalniającym (RF – ang. release factor) .
Aminoacyl tRNA synthetase HD Animation
https://www.youtube.com/watch?v=1GdTTCRw1sw
To pokazuje, przed jaimi problemami staje teoria/model, który chce wyjaśnić ewolucyjnie genezę kodu genetycznego. Bardzo ładnie i jasno jest to opisane w artykule z tego roku w Biosystems. 2018 Feb;164: On universal coding events in protein biogenesis. [link widoczny dla zalogowanych]
Podsumowując: żaden aminokwas nie wchodzi w żadne interakcje z kodonem czy antykodonem, ale jest bierną czasteczką. To białko(!) syntetaza aminoacylo t-RNA odpowiada do pewnego stopnia za tłumaczenie kodu genetycznego. Trzeba JEDNAK pamiętać,że jest tylko jednym, choć ważnym, elementem złożonego procesu translacji , bez którego kod genetyczny nie miałby sensu biologicznego.
O złożoności bakteryjnej translacji [link widoczny dla zalogowanych]
P.S. U mnie dzisiaj chłodniej, bo tylko 27 stopni max, ale już od jutra upały chyba do końca tygodnia. Lubię lato, ale z t. max 25, a upały ( czyli t max 30), to tylko 1,2 dni. Fale upałów mnie rozwalają, chocby dlatego, że mieszkam na ostatnim piętrze, a okna na S.


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez sceptyk dnia Nie 12:25, 05 Sie 2018, w całości zmieniany 1 raz
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Dyskurs




Dołączył: 28 Wrz 2015
Posty: 6417
Przeczytał: 83 tematy

Pomógł: 149 razy
Skąd: Little Rhody, USA
Płeć: Kobieta

PostWysłany: Nie 16:25, 05 Sie 2018    Temat postu:

sceptyk napisał:
Semele napisał:


Ponieważ nie ma bezpośredniej interakcji między aminokwasem a jego kodonem, w zasadzie wydaje się, że każdy kodon mógł zostać przypisany do dowolnego aminokwasu.

Nie rozumiem tego zdania..



Częściowo to wyjaśniłaś:
Semele:
Cytat:
Jak właściwy aminokwas jest dołączany do odpowiedniego tRNA (zapewniając to, że kodony są odczytywane prawidłowo)? Enzymy nazywane syntetazami aminoacylo-tRNA pełnią przy tym bardzo ważną rolę.
Istnieje różna syntetaza dla każdego aminokwasu, jedna, która tylko rozpoznaje ten aminokwas i jego tRNA (i żaden inny). Kiedy i aminokwas i jego tRNA przyłączają się do enzymu, wtedy on łączy je razem w reakcji zasilanej "energetyczną walutą" - cząsteczką trifosforanu adenozyny (ATP).

Doprecyzowując: Mamy 20 różnych syntetaz dla 20 różnych aminokwasów, czyli precyzyjnie musi ona rozpoznać ten jedyny spośród 19 pozostałych, często podobnych chemicznie. W przypadku t-RNA sprawa jest bardziej złożona, bo w komórce bakterii mamy30-45 różnych t-RNA, a u eukariota ok. 50. Co więcej: niektóre t-RNA mają różne antykodony, ale odpowiada im tylko jeden specyficzny aminokwas.
Wynika to pośrednio z właściwości kodu genetycznego, który jest zdegenerowany tzn. niektóre aminokwasy są kodowane przez więcej niż jeden kodon. Ze względu na występowanie degeneracji kodu,jedna cząsteczka tRNA musi rozpoznawać więcej niż jeden kodon dla jednego aminokwasu. ( np. leucyna czy arginina ma 6 różnych kodonów).
Jest to możliwe dzięki zdolności pierwszej zasady antykodonu do wiązania się z różnymi zasadami z trzeciej pozycji kodonu. Zdolność tą nazywa się regułą tolerancji lub degeneracją trzeciej zasady. Ponieważ pętla antykodonowa jest nieliniowa, wiązanie kodon-antykodon jest niedoskonałą helisą RNA. Umożliwia to tworzenie się niestandardowych par zasad (np. G z pierwszej pozycji antykodonu może tworzyć parę z U lub C z trzeciej pozycji kodonu; inozyna z pierwszej pozycji antykodonu może parować się z C, A lub U).
[link widoczny dla zalogowanych]
[link widoczny dla zalogowanych] str.4

Ciekawostką jest to, że trzy kodony (UAA,UAG,UGA) nie definiują aminokwasu, lecz sygnał STOP, czyli zakończenia syntezy łańcucha. Konieczne są do tego dwa różne białka tzw. czynniki uwalniającym (RF – ang. release factor) .
Aminoacyl tRNA synthetase HD Animation
https://www.youtube.com/watch?v=1GdTTCRw1sw
To pokazuje, przed jaimi problemami staje teoria/model, który chce wyjaśnić ewolucyjnie genezę kodu genetycznego. Bardzo ładnie i jasno jest to opisane w artykule z tego roku w Biosystems. 2018 Feb;164: On universal coding events in protein biogenesis. [link widoczny dla zalogowanych]
Podsumowując: żaden aminokwas nie wchodzi w żadne interakcje z kodonem czy antykodonem, ale jest bierną czasteczką. To białko(!) syntetaza aminoacylo t-RNA odpowiada do pewnego stopnia za tłumaczenie kodu genetycznego. Trzeba JEDNAK pamiętać,że jest tylko jednym, choć ważnym, elementem złożonego procesu translacji , bez którego kod genetyczny nie miałby sensu biologicznego.
O złożoności bakteryjnej translacji [link widoczny dla zalogowanych]
P.S. U mnie dzisiaj chłodniej, bo tylko 27 stopni max, ale już od jutra upały chyba do końca tygodnia. Lubię lato, ale z t. max 25, a upały ( czyli t max 30), to tylko 1,2 dni. Fale upałów mnie rozwalają, chocby dlatego, że mieszkam na ostatnim piętrze, a okna na S.
To (Twój pogrubiony tekst) według syntezy aminokwasów Strecker'a (1850) z aldehydów lub ketonów. To jest interpretacja mechanistyczna synetyzy niebiologicznej. Z tych 20 aminokwasów człowiek jest w stanie syntezy 11 ale to człowiek decyduje jakie związki chemiczne posiada w fizjologii komórkowej przez styl życia jaki więcej lub mniej świadomie wolną wolą wybiera. Toksyczni i egoistyczni ludzie to w kontekście faktu, że niewiedzia w dobie Internetu jest wolnym wyborem, to asceci XXI wieku.

W XXI wieku wiemy, że biologiczna synteza aminokwasów to proces odbywający się przez ścieżki mateboliczne, które człowiek tworzy ze związków chemicznych w fizjologii komórkowej przez bycie żywym organizmem - człowiek który metabolizuje swój pokarm jak również swoje myśli, etc. Tak jak Prezydent Clinton powiedział: It is the economy, stupid! to w XXI wieku biologii molekularnej wiemy, że to epigenetyka czyli sposób w jaki metabolizujemy własne środowisko, którym jest wszystko z czym się stykamy.

Dla przykładu Klinika Mayo w Minneapolis w stanie Minnesota w maju 2016 roku nie była w stanie zdiagnozować powodu 2 mutacji ostrej białaczki szpikowej mojego zmarłego w ubiegłym roku Męża. Próbka szpiku wyłoniła 2 mutacje jak NPM1 i FLT3 z wewnętrzną duplikacją tandemową. To szczegółowy wywiad z pacjentem i Jego Rodziną (mną i 2 synami) skorelował czynniki ryzyka ze stylem życia i 2 głównymi powodami były (1) czynnik środowiska - konkretnie zanieczyszczenie powietrza w Katowicach przez 41 lat życia; i (2) Typ osobowości C (Cancer prone/poddatna na raka) czyli osoby zgodnej i pomagającej wszystkim, która internalizuje stres.

Cieszę się, że nie jesteś dyskusyjnym fundamentalistą i do dyskusji wprowadzasz element człowieczeństwa, czyli w tym przypadku dyskomfort z powodu upałów. Współczuję. Ale z dopiskiem, że gdybyście mieli naszą wilgotność (o wilgotnosci w stanach południowych nie wspomnę), to bez klimatyzacji nie dałoby się wytrzymać. W domu mamy centralną klimatyzację z filtrowaniem powietrza, ale nie nastawiamy temperatury zbyt nisko (76F/24.4C), bo im wyższa różnica pomiędzy wysuszonym powietrzem klimatyzacji i wilgotnym gorącym na zewnatrz, tym wyższa szansa - plus.minus sprawność nerek do adaptacji - na stan zapaści organizmu.

Narazie wracam do obowiązków domowych i akademickich, bo zawodowe zapięte na ostatni guzik, boe nie preferuje zaczynac tygodnia od stresu. To tymczasem, bo torujemy drogę dla sektora ekonomicznego/industry i jak się firmie udało "nawrócić" firmę FM Global na wprowadzenie programu zdrowego trybu życia, to już poleci jak po stepie a rośniemy liczbowo na potęgę. W maju było nas 370 a teraz jest nas w tej samej kategorii 2 lokacji w 2 sąsiednich stanach 430 nie licząc, że nowych nas z zachodu przybyło 410 i nas za granicą USA też przybywa :)

Czego przede wszystkim nauczył mnie program doktorski, którego wymogi ukończyłam latem ubiegłego roku a obecnie jestem w dysertacji to pokory w zadawaniu kwestii i kwestionowaniu odpowiedzi żeby nie zamykać dyskusji wiadomym/stałym ale stałe się uczyć.

Moi koledzy i koleżanki z programu Ph. D. przygotowują publikację o metaforach organizacyjnych/organizational metaphors (Morgan, 2006) czyli o strukturach organizacyjnych i przygotowuje swój wkład na bazie firmy w której pracuję we współpracy z CEO, który ma "szklany dom" naprzeciw mojego biurka. Oprócz tego czekam na publikację Michelle Obama jesienią której potrzebuję aby zweryfikować moje wnioski z jej biografią. Bo żeby przeprowadzić z nią wywiad musiałabym mieć zgodę mojej uczelnii a wydaje profesorka, która nie pomogła mi w trakcie 1 kursu latem 2013 roku (Tajlandka jeszcze niezupełnie kulturowo przystosowana do amerykańskiej power distance/dostępności i usłużności) i żebym miała "spod ziemi wytrzasnąć" to nigdy się do niej z niczym nie zwrócę.

Pozdrawiam serdecznie :)


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Nie 18:50, 05 Sie 2018    Temat postu:

Dla oddechu i podsumowania. Ciekawie zaczyna się od 50 minuty....

https://youtu.be/MjJwij3yjq4

Badania pochodzenia życia pochłaniają dosyć dużo pieniędzy.
Jednak jak powiedział jeden z "bohaterów" być może w toku tych badań odkryjemy coś co będzie pożyteczne dla ludzi.
@sceptyk
Faktycznie złożoność procesów zachodzących w komórkach podczas replikacji transkrypcji a zwłaszcza translacji są tak złożone, że jestem pełna podziwu dla optymizmu tych naukowców....
Padło określenie emergencja....

w ciągu ostatnich dziesięcioleci biologia, czerpiąc z
metodologicznego dorobku nauk ścisłych oraz licznych nowinek technologicznych, schodziła na coraz niższe poziomy złożoności, w pewnym momencie osiągając poziom opisu znany nam wcześniej wyłącznie z nauk ścisłych . To jednak, co wciąż pozostało dla biologii charakterystyczne to przedmiot badań. W centrum zainteresowania biologów nie leżą bowiem pojedyncze, wyizolowane obiekty, lecz raczej całe mechanizmy – zespoły współpracujących ze sobą części w sposób regularny wywołujące złożone, manifestujące się z poziomu całego systemu, efekty.
Jedno jest pewne: wynik debaty „redukcja vs. antyredukcja” wciąż pozostaje nierozstrzygnięty. Ambitny projekt całkowitej redukcji biologii do fizyki i chemii stanął pod wielkim znakiem zapytania wraz z nowymi odkryciami z zakresu genetyki molekularnej.
(Bechtel & Richardson 1993, Glennan 1996). A. M. Proszewska


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez Semele dnia Nie 20:06, 05 Sie 2018, w całości zmieniany 1 raz
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Nie 20:49, 05 Sie 2018    Temat postu:

sceptyk
Cytat:
Mamy 20 różnych syntetaz dla 20 różnych aminokwasów,czyli precyzyjnie musi ona rozpoznać ten jedyny spośród 19 pozostałych, często podobnych chemicznie.

Dyskurs
Cytat:
To (Twój pogrubiony tekst) według syntezy aminokwasów Strecker'a (1850) z aldehydów lub ketonów. To jest interpretacja mechanistyczna synetyzy niebiologicznej.

Nie pisałem o syntezie aminokwasów, ale o specyficznym wiązaniu t-RNA i aminokwasów zaktywowanych przez syntetazę aminoacylo t-RNA.
[link widoczny dla zalogowanych]

Mam prośbę: cytuj tylko ten tekst, do którego się odnosisz. :wink:


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Nie 20:55, 05 Sie 2018    Temat postu:

Semele napisał:
Dla oddechu i podsumowania. Ciekawie zaczyna się od 50 minuty....

https://youtu.be/MjJwij3yjq4



A co Ty chcesz podsumowywać? Film popularnonaukowy, ja wolę stricte naukowe publikacje.
Znalazłem ciekawy artykuł On origin of genetic code and tRNA before translation [link widoczny dla zalogowanych]


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Dyskurs




Dołączył: 28 Wrz 2015
Posty: 6417
Przeczytał: 83 tematy

Pomógł: 149 razy
Skąd: Little Rhody, USA
Płeć: Kobieta

PostWysłany: Pon 1:33, 06 Sie 2018    Temat postu:

Koonin & Novozhilov (2017) napisał:
The standard genetic code (SGC) is virtually universal among extant life forms. Although many deviations from the universal code exist, particularly in organelles and prokaryotes with small genomes, they are limited in scope and obviously secondary. The universality of the code likely results from the combination of a frozen accident, i.e., the deleterious effect of codon reassignment in the SGC, and the inhibitory effect of changes in the code on horizontal gene transfer. The structure of the SGC is nonrandom and ensures high robustness of the code to mutational and translational errors. However, this error minimization is most likely a by-product of the primordial code expansion driven by the diversification of the repertoire of protein amino acids, rather than a direct result of selection. Phylogenetic analysis of translation system components, in particular aminoacyl-tRNA synthetases, shows that, at a stage of evolution when the translation system had already attained high fidelity, the correspondence between amino acids and cognate codons was determined by recognition of amino acids by RNA molecules, i.e., proto-tRNAs. We propose an experimentally testable scenario for the evolution of the code that combines recognition of amino acids by unique sites on proto-tRNAs (distinct from the anticodons), expansion of the code via proto-tRNA duplication, and frozen accident. - Standardowy kod genetyczny (SGC) jest praktycznie uniwersalny wśród zachowanych form życia. Chociaż istnieje wiele odchyleń od uniwersalnego kodu, szczególnie w organellach i prokariotach z małymi genomami, mają one ograniczony zakres i oczywiście sa drugorzędne. Powszechność kodu prawdopodobnie wynika z połączenia zamrożonego przypadku, tj. szkodliwego efektu zmiany przypisania kodonów w SGC i efektu hamującego zmian w kodzie na poziomy transferu genu. Struktura SGC jest nielosowa i zapewnia wysoką odporność kodu na błędy mutacyjne i translacyjne. Jednak ta minimalizacja błędów jest najprawdopodobniej produktem ubocznym pierwotnego rozszerzenia kodu, napędzanego przez dywersyfikację repertuaru aminokwasów białkowych, a nie bezpośrednim wynikiem selekcji. Analiza filogenetyczna składników układu translacyjnego, w szczególności syntetazy aminoacylo-tRNA, pokazuje, że na etapie ewolucji, kiedy system translacji osiągnął już wysoką wierzytelność, zależność między aminokwasami i pokrewnymi kodonami została określona przez rozpoznanie aminokwasów przez cząsteczki RNA. , tj. proto-tRNA. Proponujemy eksperymentalnie testowany scenariusz ewolucji kodu, który łączy rozpoznawanie aminokwasów przez unikalne miejsca na proto-tRNA (różne od antykodonów), ekspansję kodu poprzez powielanie proto-tRNA i przypadek.


[link widoczny dla zalogowanych]


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Pon 8:05, 06 Sie 2018    Temat postu:

sceptyk napisał:
Semele napisał:
Dla oddechu i podsumowania. Ciekawie zaczyna się od 50 minuty....

https://youtu.be/MjJwij3yjq4



A co Ty chcesz podsumowywać? Film popularnonaukowy, ja wolę stricte naukowe publikacje.
Znalazłem ciekawy artykuł On origin of genetic code and tRNA before translation [link widoczny dla zalogowanych]


:) dajesz dużo tych tekstów a ja muszę się przedrzeć przez angielski.

Tu świetny wykład Erica Landera naukowiec może być świetnym nauczycielem okazuje się. Czy on powiedział, że tRNA jest właściwie enzymem. Czy to moja nadinterpretacja. Może Dyskurs zrobiłaby tłumaczenie do tego.

https://youtu.be/uBRdfsz_YB4

Człowiek ma mniej genów niż niektóre niższe organizmy. Po zbadaniu genomu ludzkiego pojawiły się nowe pytania.


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Pon 10:55, 06 Sie 2018    Temat postu:

Dyskurs napisał:
Koonin & Novozhilov (2017) napisał:
The standard genetic code (SGC) is virtually universal among extant life forms. Although many deviations from the universal code exist, particularly in organelles and prokaryotes with small genomes, they are limited in scope and obviously secondary. The universality of the code likely results from the combination of a frozen accident, i.e., the deleterious effect of codon reassignment in the SGC, and the inhibitory effect of changes in the code on horizontal gene transfer. The structure of the SGC is nonrandom and ensures high robustness of the code to mutational and translational errors. However, this error minimization is most likely a by-product of the primordial code expansion driven by the diversification of the repertoire of protein amino acids, rather than a direct result of selection. Phylogenetic analysis of translation system components, in particular aminoacyl-tRNA synthetases, shows that, at a stage of evolution when the translation system had already attained high fidelity, the correspondence between amino acids and cognate codons was determined by recognition of amino acids by RNA molecules, i.e., proto-tRNAs. We propose an experimentally testable scenario for the evolution of the code that combines recognition of amino acids by unique sites on proto-tRNAs (distinct from the anticodons), expansion of the code via proto-tRNA duplication, and frozen accident. - Standardowy kod genetyczny (SGC) jest praktycznie uniwersalny wśród zachowanych form życia. Chociaż istnieje wiele odchyleń od uniwersalnego kodu, szczególnie w organellach i prokariotach z małymi genomami, mają one ograniczony zakres i oczywiście sa drugorzędne. Powszechność kodu prawdopodobnie wynika z połączenia zamrożonego przypadku, tj. szkodliwego efektu zmiany przypisania kodonów w SGC i efektu hamującego zmian w kodzie na poziomy transferu genu. Struktura SGC jest nielosowa i zapewnia wysoką odporność kodu na błędy mutacyjne i translacyjne. Jednak ta minimalizacja błędów jest najprawdopodobniej produktem ubocznym pierwotnego rozszerzenia kodu, napędzanego przez dywersyfikację repertuaru aminokwasów białkowych, a nie bezpośrednim wynikiem selekcji. Analiza filogenetyczna składników układu translacyjnego, w szczególności syntetazy aminoacylo-tRNA, pokazuje, że na etapie ewolucji, kiedy system translacji osiągnął już wysoką wierzytelność, zależność między aminokwasami i pokrewnymi kodonami została określona przez rozpoznanie aminokwasów przez cząsteczki RNA. , tj. proto-tRNA. Proponujemy eksperymentalnie testowany scenariusz ewolucji kodu, który łączy rozpoznawanie aminokwasów przez unikalne miejsca na proto-tRNA (różne od antykodonów), ekspansję kodu poprzez powielanie proto-tRNA i przypadek.


[link widoczny dla zalogowanych]


Dzięki za ciekawy artykuł. :brawo:
Relatywnie dobrze ( teoretycznie) wyjaśnia ewolucję już istniejącego kodu, ale z jego genezą już trudniej. Sami zresztą to stwierdzają, gdy cytujesz:
Cytat:
[...] Analiza filogenetyczna składników układu translacyjnego, w szczególności syntetazy aminoacylo-tRNA, pokazuje, że na etapie ewolucji, kiedy system translacji osiągnął już wysoką wierzytelność, zależność między aminokwasami i pokrewnymi kodonami została określona przez rozpoznanie aminokwasów przez cząsteczki RNA. , tj. proto-tRNA. Proponujemy eksperymentalnie testowany scenariusz ewolucji kodu, który łączy rozpoznawanie aminokwasów przez unikalne miejsca na proto-tRNA (różne od antykodonów), ekspansję kodu poprzez powielanie proto-tRNA i przypadek.

Na czym polega ulomność propozycji:
1. Autorzy dopiero proponują model, który można przetestować eksperymentalnie, więc na razie jest to teoretyzowanie. Chcąc wyjaśnić pochodzenie kodu genetycznego, bez eksperymentów nawet najbardziej wysublimowane teorie nie mają większego znaczenia.
2. Autorzy postulują, że na pewnym etapie ewolucji translacja osiągnęła wysokie zaawansowanie pozwalające przeprowadzać ten proces relatywnie dokładnie. Ale jak powstała wg nich translacja? Proto-tRNA miałyby wiązać aminokwasy, ale w miejscach odmiennych niż miejsce antykodonowe (pętla antykodonowa) w tej cząsteczce; proto-TRNA podlegałyby replikacji( samoreplikacji?), a ostatecznie przypadek zamroziłby kod w tej postaci, jaki dzisiaj występuje, czyli niemal uniwersalny.
Autorzy powołują się na badanie nad rybozymami, których właściwości katalityczne mogłyby ten scenariusz zrealizować; z drugiej strony nawet specyficzne wiązanie aptamerów RNA z jakimiś aminokwasami nie wyjaśni genezy kodu genetycznego. Wciąż nierozwiązywalnym problemem jest system translacji, w której co prawdą biorą udział cząsteczki RNA: t-RNA, rybosomowe RNA. r-RNA to trzy rodzaje RNA ( u prokariota): 5S rRNA, 16S rRNA i 23S . i o długośći odpowiednio : 120 nt, 1542 nt, 2906 nt. [link widoczny dla zalogowanych]
1. Do swego powstania u dzisiejszych organizmów wymagają białek
2. Nie znam badań, które dowodziłyby ich zdolności do samoreplikacji
3. Nie znam badań, które przedstawiają jakichś rybozym, który potrafi zsyntezować de nowo , choćby mały 5S, a nawet jakikolwiek t-RNA.
4. Rybosom składa się również z białek np. E.coli ma ich w sumie aż 52.
[link widoczny dla zalogowanych]
5.Proces translacji ( aktywacji, inicjacji, elongacji, terminacji) przeprowadzają tylko białka. U E.coli jest ich w sumie 26.
Wraca więc problem, jak bez białek dokonać translacji RNA ergo odczytać kod. Generalnie sprowadza sie to do założenia, że jest to jednak mozliwe. Poszukam, czy są jakieś badania na ten temat. Na razie znalazłem badania, które pokazują, iż krótkie RNA ( aptamery) mogą wiązać okreslone aminokwasy, pełniąc funkcję analogiczną do białkowych syntetaz aminoacylo t-RNA.
[link widoczny dla zalogowanych]
Aptamery nie potrafią jednak aktywizować aminokwasu, więc analogia jest połowiczna. Zresztą specyficznośc tych wiązań jest też niezbyt rewelacyjna. Zresztą aptamer ( rybozym ARS) jak i t-RNA zostały zsyntezowane prze białko polimeraza RNA T7. Oczywiście to tylko niektóre zastrzeżęnia.
Znalazłem artykuł: tRNA Core Hypothesis for the Transition from the RNA World to the Ribonucleoprotein World [link widoczny dla zalogowanych]
Model (tylko model) pokazuje, jak możliwe jest przejście od prostych RNA (proto-t-RNA) poprzez proste bialka ( proto-białka), aż do rybosomu.
Czy to wyjaśnia? To wymaga analizy. Jednak wstępnie moge powiedzieć, że nie wyjaśnia on genezy kodu genetycznego, ale przyjmuje jego istnieje już we wczesnym etapie.
Artykuł posiada liczną biografię, które pokazują pewne eksperymenty uwiarygadniajace ten model np. nieenzymatyczna replikacja RNA [link widoczny dla zalogowanych]
ale też problemy z jakimi takie reakcje się borykają:
The most significant problems standing in the way of an experimental demonstration of multiple cycles of RNA replication can be summed up in the following list of 8 problems, each of which must be solved to enable continuing genomic replication within reproducing protocells.
1.
Regiospecificity: chemical template copying generates complementary strands with a heterogeneous backbone containing randomly interspersed 2'-5' and 3'-5' linkages.


2.
High Tm of long RNA duplexes: because of the high melting temperature of RNA duplexes, the accurate copying of an RNA template will generate a dead-end duplex product.


3.
Fidelity of template copying chemistry: the accuracy of chemical replication is insufficient to allow for the propagation of functional genetic information.


4.
Rate of template copying chemistry: chemical template copying occurs on the same timescale as template and substrate degradation.


5.
Reactivation chemistry: the efficiency of template copying is limited by substrate hydrolysis, but current means of re-activating hydrolyzed substrates lead to damaging side reactions that would destroy both templates and substrates.


6.
Divalent metal ions: the high concentrations of divalent cations required for RNA template-copying reactions catalyze RNA degradation and are incompatible with known vesicle replication systems.


7.
Primer-independent RNA replication: replication based on primer-extension is incompatible with a protocell model system, because protocells cannot take up exogenous primers.


8.
Strand reannealing: the reannealing of separated strands prevents template copying, but the rate of strand reannealing is orders of magnitude faster than current copying chemistry.


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez sceptyk dnia Pon 11:04, 06 Sie 2018, w całości zmieniany 1 raz
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Pon 11:21, 06 Sie 2018    Temat postu:

Artykuł o pochodzeniu i ewolucji t-RNA.
[link widoczny dla zalogowanych]
Jak autorzy słusznie stwierdzają, bez samoreplikacji nie ma życia. Bez sprzężonych samoreplikatorów tylko ograniczona liczba informacji może być przekazywana z pokolenia na pokolenie. Eigen zalożył, że cząsteczki RNA, aby nie ulec tzw. katastrofie błędów nie mogą mieć więcej niż ok 100 nt, czyli zblizone do dzisiejszysz t-RNA. Zaciekawiło mnie, bo jest punkt o genezie kodu genetycznego
5. The CCA Sequence of tRNAs and the Origin of the Genetic Code
Nic jednak tam nie znalazłem o tym, poza spekulacjami - brak bazy empirycznej. Rozbawił mnie rysunek o ewolucji rybosomu i jego związku z T-RNA.
[link widoczny dla zalogowanych]
Tylko jak powstawał rybosom i t-RNA oraz cały system translacji - bez udziału białek?


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Pon 11:27, 06 Sie 2018    Temat postu:

Samoreplikujący RNA?

[link widoczny dla zalogowanych]
[link widoczny dla zalogowanych]
Ktoś przeanalizuje artykuły, czy to mam być znowu ja? :wink:


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez sceptyk dnia Pon 11:57, 06 Sie 2018, w całości zmieniany 1 raz
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
Semele




Dołączył: 09 Lis 2014
Posty: 3492
Przeczytał: 96 tematów

Pomógł: 99 razy

Płeć: Kobieta

PostWysłany: Pon 13:00, 06 Sie 2018    Temat postu:

sceptyk napisał:
Samoreplikujący RNA?

[link widoczny dla zalogowanych]
[link widoczny dla zalogowanych]
Ktoś przeanalizuje artykuły, czy to mam być znowu ja? :wink:

nie odniosłeś się jeszcze do artykułu , który ja dopiero czytam..
Czytam powoli.. z wiadomej przyczyny..

Mój mąż miał już być wypisany ze szpitala jednak z rany cieknie jakaś ropa..
:) Bakteria dają znać o sobie...

[link widoczny dla zalogowanych]

Marzę o przetłumaczeniu tego filmu na polski. Jednak filmy i artykuły są jakimś źródłem wiedzy dla zjadaczy chleba.. nie potrzebnie się na to oburzasz. Warto abyś też trochę spróbował poglądowości.. :wink:

Może ktoś jeszcze przyłączy się do naszej rozmowy. na przykład Jan Lewandowski ( jest też fedorem?)

chodzi o pierwszy artykuł z tym przystojnym genetykiem ewangelikiem.. :serce:


Post został pochwalony 0 razy

Ostatnio zmieniony przez Semele dnia Pon 13:06, 06 Sie 2018, w całości zmieniany 1 raz
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Zobacz poprzedni temat :: Zobacz następny temat  
Autor Wiadomość
sceptyk




Dołączył: 16 Cze 2017
Posty: 133
Przeczytał: 0 tematów

Pomógł: 10 razy

Płeć: Mężczyzna

PostWysłany: Pon 13:05, 06 Sie 2018    Temat postu:

Semele napisał:
sceptyk napisał:
Samoreplikujący RNA?

[link widoczny dla zalogowanych]
[link widoczny dla zalogowanych]
Ktoś przeanalizuje artykuły, czy to mam być znowu ja? :wink:

nie odniosłeś się jeszcze do artykułu , który ja dopiero czytam..
Czytam powoli.. z wiadomej przyczyny..

Mój mąż miał już być wypisany ze szpitala jednak z rany cieknie jakaś ropa..
:) Bakteria dają znać o sobie...

[link widoczny dla zalogowanych]

Marzę o przetłumaczeniu tego filmu na polski. Jednak filmy i artykuły są jakimś źródłem wiedzy dla zjadaczy chleba.. nie potrzebnie się na to oburzasz. Warto abyś też trochę spróbował poglądowości.. :wink:

Może ktoś jeszcze przyłączy się do naszej rozmowy. na przykład Jan Lewandowski ( jest też fedorem?)


Wybieram artykuły istotne do dyskusji. jeśli uważasz, że w jakimś podanym przez Ciebie artykule jest coś ważnego, to zacytuj i omów. :)
P.S. Współczuję Tobie i mężowi - życzę mu powrotu do zdrowia. :serce:


Post został pochwalony 0 razy
Powrót do góry
Zobacz profil autora
Wyświetl posty z ostatnich:   
Napisz nowy temat   Odpowiedz do tematu    Forum ŚFiNiA Strona Główna -> Genesis Wszystkie czasy w strefie CET (Europa)
Idź do strony Poprzedni  1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8  Następny
Strona 2 z 8

 
Skocz do:  
Nie możesz pisać nowych tematów
Nie możesz odpowiadać w tematach
Nie możesz zmieniać swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów
Nie możesz głosować w ankietach

fora.pl - załóż własne forum dyskusyjne za darmo
Powered by phpBB © 2001, 2005 phpBB Group
Regulamin